Tới năm 1733, chúa Nguyễn vì mến mộ tài đức của nhà sư nên đã ban cho ông hiệu Tịnh Giác Thiện Trì đại lão thiền sư, đồng thời cho xây cất lại Dũng Tuyền tự thành một ngôi chùa lớn hơn đặt tên là Linh Phong thiền tự.

Thời nhà Nguyễn, chùa lại được các vua cho trùng tu lại to đẹp hơn. Tuy nhiên sau đó trải qua một thời gian dài chiến tranh, chùa Ông Núi bị tàn phá nặng nề, chỉ còn lại cổng tam quan ở mặt phía đông và một bửu tháp.  Đến năm 1990 chùa được xây mới lại với kiến trúc mái cổ lầu, lợp ngói ống. Ở trên nóc chùa có lưỡng long tranh châu, đôi cột trước điện có hình rồng cuộn. Trong chùa có tượng Phật cao 2,5 m, đại hồng chung nặng 1,2 tấn. Chùa có kiến trúc trang nghiêm, cổ kính, hài hòa với thiên nhiên.